用户指南

操作界面

TGex 的操作界面可以帮助您高效管理所有分析和样本信息,还允许用户通过我们的向导开始新的分析。

创建一个新的分析

您可以点击 “开始新的分析”按钮创建一个新的分析,随后向导会指示您添加样本(VCF
格式)文件,补充临床信息完善与分析相关的事务。

分析

分析由两部分构成

  • 右边的是分析列表,该表格会列出您的所有分析,每个分析都包含以下信息:
    • 修改日期 – 显示的是分析的最近修改日期
    • 分析 – 显示分析的名称、编号。点击进去会跳转至该分析的概述界面
    • #样本 – 某一轮分析中样本的数量
    • 项目 – 项目的名称
    • 查看/分析按钮 – 根据分析状态,显示 “分析”代表数据分析尚未被分析(没有生成
      报告),显示“查看”(代表已经完成数分析并且已经创建了报告)。点击“分析”,会跳转到分析界面,点击“查看”界面,会跳转至分析的总结页面。

  • 总结柱状图在左侧,这一图表有助于用户快速总结工作流程,知道仍在分析流程中的样本数量,以及因缺少样本而尚未开始分析的数量。

你还可以通过搜索框检索特定的分析。

样本

样本由两部分构成

  • 右边是样本列表,通过一个列表显示您的全部样本。每一个样本都包含有如下信息:
    • 修改日期 – 显示该样本的最近修改日期;
    • 样本 - 样本的名称,点击之会链接到样本信息界面;
    • 项目 - 样本所在项目的名称,点击之后会进入项目信息页面;
    • 版本集 – 用于注释样本的版本集信息;
    • 状态 – 样本的状态(注释完成、注释中、注释失败);
    • 说明 – 样本状态的说明;
    • “新的分析”按钮 – 点击这一按钮,就可以用这一样本开始新的分析。
  • 总结柱状图在左侧,这一图表有助于用户快速总结尚未分析的样本状态。状态包括新样本,注释中和注释出错。

除此之外,您还可以用搜索框检索特定的样本。

新建分析向导

分析向导会指导你在TGex 创建一个新的分析。创建一个新的分析需要4 步,所有已选
的信息都会总结显示在屏幕右侧。

方案

在开始分析之前,您需要选择一个适用于您的分析的方案。方案是预定义筛选条件、所需样本和关联样本、报告模板的一个模型。每一个账号,TGex 默认提供最常见的4 种方案用于NGS 分析。包括:

  • Germline - Single Sample – 这一情况常用于分析只有生殖细胞突变的单个患者样本;
  • Germline – Trio – 这一情况常用于罕见疾病分析既有患者样本又有患者父母样本的情形;
  • Tumor Biopsy- Single Sample – 这一情况适用于分析只有体细胞样本但没有生殖细胞样
    本的肿瘤活检;

  • Tumor Biopsy- with Germline – 这一情况适用于分析既有体细胞样本和又有生殖细胞样
    本的肿瘤活检。

说明:此外,付费用户还可以定制实验方案以便优化工作流程。

项目

TGex 搭建的是一个以项目为中心的平台。因此每轮分析都有一个主样本和若干的关联样本(例如:在trio 情况下的父母样本以及肿瘤活检中的生殖细胞突变样本)。

在这一步的向导中,您可以完善新项目的一些细节信息。这些信息将为稍后的数据分析过程提供参考,并且在后续的自动化报告中出具。

您也可以选择一个已经存在的项目,继续进行后续分析。

对于一个新的项目,需要录入以下信息。

  • 项目ID(必填) - 为您的项目分配一个独特的ID。一般这一ID 是从默认的电子病历EMR或实验室管理LIMS 系统中自动导入的;您可以自行编辑。

  • 姓名(选填) - 项目名称;
  • 出生日期(选填) - 项目主样本的出生日期;
  • 性别(选填) - 男/女。未知性别可留白
  • 血缘关系(选填) - 在罕见病分析中用于阐述父母的血缘关系
  • 人种(选填) - 人口、人群或种族

样本

在这一部分您既可以上传一个新的样本,也可以通过点击相关样本下面的“选择样本”
按钮选择预上传的样本用于分析。每上传一个新的VCF 文件,TGex 会利用专有的注释通道提供用于分析所需要的数据。(这可能会花费几分钟的时间)。

在多样本情况下,你同样需要为每个关联的样本上传VCF 文件。

临床信息

在这一部分您可以为每一个分析录入详细的临床信息,包括它所属的项目,用于分析该项目选用的遗传模型,输入用于后续评分排序的表型信息等。在此录入的这些信息在后续的数据分析中起到重要的参考作用。

以下的信息可以被录入:

  • 编号(必填) - 为分析指定一个惟一的标识符。默认标识符是自动生成的,您也可以替换为您自己的标识符(例如,在您的已有系统中生成的ID)

  • 姓名(选填) - 分析的名称,一般也是默认的;
  • 负责人(选填) - 临床医生的姓名;
  • 描述(选填) - 在此可以自由的录入临床信息;
  • 疾病发生频率(必填) - 这个数字代表了某种疾病在人群的发病率。这一数字可以为后续分析过程中默认排除掉一些常见的变异。

  • 遗传类型(必填) - 默认每个方案都有一组遗传方式模型以供数据分析。以罕见病为例,遗传方式可以是“隐性纯合”,“隐性复合杂合子”以及“显性杂合”。在分析阶段,你可以根据实际需要排除不相干的遗传模式模型的干扰。

  • VarElect 表型词条(选填) - 任何生物特性(表型)都可被VarElect 用来对变异评分
    排序。你可以点击这里,了解更多VarElect

  • 基因列表(选填) - 在这里输入一连串以逗号分隔开的基因,就会以这一基因列表为中心展开过滤,最后只出现基因列表里面所包含的基因。

点击向导上的“保存”按钮后新的分析就会在您的账号内部生成,随后跳转到已更新的
分析综述页面。

分析综述页

这一界面您可以检查分析的所有细节和样本的注释进度。

你可以利用右上角的编辑按钮添加或修改样本信息,也可以点击编辑按钮旁边的
“Analyze”直接跳转到分析界面从而开始浏览突变,应用筛选。

数据分析界面

分析主界面为您提供了所有数据分析需要的信息。

信息综述:

分析界面的最上端的左边是导航栏,中间是信息摘要,右边是“报告预览”按钮。

点击导航栏中的“项目”或者“分析”将会分别弹出项目综述或分析综述窗口。

通过右侧的信息,你可以在开始数据分析之前就可以对这些信息有所了解。

  • 点击“项目”,可以告知项目信息;
  • 点击“临床”,可以查看临床信息,以及为基因的评分排序提供的关键词;
  • 点击“样本”,可以知道用于分析的样本和样本的细节。

点击“报告预览”会创建一个排除了一般信息的总结视图,这使得您可以正式创建一份
报告之前可以充分回顾研究所有的细节。

主分析区域

分析区域根据基因的遗传方式模型划分为不同的区域。

每个区域实际上都是交互型的:每一行代表着检测到的某个变异,每一列都代表了变异
的某些属性.。在TGex 中,众多的属性被分为5 个大组,每一组默认显示最重要的影响因
子,如果想详细了解某一组影响因子,可以点击每一组右边的“>”展开。

你也可以利用右上角的设置按钮来重置列宽。

每一列都有两个交互功能,排序和过滤。

你也可以通过右上角的“设置”重置所有的过滤条件。

数据属性:

Genomic & Genetic Data

  • LOCATION - 变异在染色体和基因组上的位置(链接到UCSC Genome Browser);
  • GENE - 点击弹出关联到ClinVar 词条,包括已知的遗传方式类型;
  • REF - 在基因组中提供的参考序列;
  • ALT - 主样本检测到变异的序列;
  • AA - 代表变异导致了氨基酸的变化; 
  • ZYGOSITY – 主样本检测到的基因型

Associated Samples

当进行多样本分析时,每一个关联的样本都会有一列用专门的图标来描述样本某一变异的基因型。(单图标 – 杂合;双图标 – 纯合 )

点击图标会弹出一个表格,表格总结呈现所有分析中的样本某一变异的基因型。

Variant Calling Q & R

这一部分用于判断检测到变异的质量和可信度。

  • Q&R SCORE- 把检测到的变异按照质量区分(Low: Coverage<10x 且 GQ<15; Med:
    Coverage<20x 且GQ<50; High: Coverage>=20x 且GQ>=50);

  • DP4 – 有效读长(ref+, ref -,alt+, alt -)
  • % ALT – 检测到等位基因所占的百分比。

Evidence

  • VARELECT - VarElect 用于给表型和基因之间的关联性评分。点击分数,会呈现给出
    特定评分的关联证据。你可以点击这里,了解更多VarElect

  • MATCHED PHENOTYPES - 匹配的表型数目和与基因相关的表型词条;
  • COSMIC – COSMIC 中关联词条列表和链接;
  • CLINVAR - ClinVar 中关联的词条和临床意义

Effect & Prediction

  • EFFECT – 变异在蛋白层面上带来的影响(包括对蛋白剪接的影响)
  • SEVERITY - 我们把影响程度划分为三个等级:
    • High: 无义突变、 移码突变、剪接位点突变、错义突变(这些都被评定为 “破坏性”);
    • Med:密码子插入缺失、 错义突变(至少一个被评为“破坏性”);
    • Low:同义突变,剪接位点区域突变、错义突变(没有一个被评为“破坏性”)。

Frequency

  • MAX AF - 最大等位基因频率信息来自以下数据库:1000 Genomes, ESV (~6500

Exomes), EXaC(~65,000 Exomes)

筛选和工具

分析主界面左边,有“筛选和工具”这一面板,总结了当前应用的筛选条件。

通过“筛选和工具”列表或者每一列的列标题,您可以在分析变异时轻松的编辑、修改、
删除筛选条件。每一个通过列标题改动的筛选条件会即时出现在左侧的“筛选和工具”面板上,最后报告中的也会记录您的分析方法。

在筛选和工具的界面下,你还可以添加预定义的基因 panel,也可以通过手动输入的方
式来添加基因列表。此外你还可以编辑VarElect 词条来对基因进行评分,也可以修改疾病频率以便利用等位基因频率进行筛选。

为了使得屏幕有充分空间呈现分析列表,该面板可以在不需要的时候点击隐藏。

创建一份报告

一旦在各个遗传模式下都完成变异检索,我们会选定几个候选变异,并给出候选变异与
表型关联性的详细说明,你可以点击右上角“报告预览”,预览报告。

随后会弹出包含了选定变异的信息概述的综合视图。在这里,你还可以选择最终版报告
包含哪些证据。(仅限付费用户)

在报告预览界面下,你既可以选择返回以便编辑、添加更多的候选项,或者点击下一步
将自动生成两份文件。一份是包含了选定变异的详细信息和相关证据以及出版文献等内容的PDF 文档;另一份则是包含了全部变异的Excel 表格。

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